Pada saat Timor Timur bergejolak pada 1999, Eurico Guterres kala itu merupakan Komandan Milisi Pro Integrasi Aitarak-Dili. Ia pun dinyatakan bersalah oleh Pengadilan Negeri Ad Hoc HAM pada November 2002.
Melansir MNC Portal Indonesia, Eurico kemudian divonis 10 tahun penjara karena dianggap bertanggung jawab atas kasus pelanggaran HAM berat.
Dirinya dinyatakan terlibat dalam serangan milisi Aitarak terhadap pemimpin dalam gerakan kemerdekaan Timor Timur. Sebanyak 12 orang dinyatakan tewas dalam peristiwa tersebut.
Kemudian berdasarkan laporan Komisi Pengakuan, Kebenaran, dan Rekonsiliasi (CAVR) Timor Leste, Eurico juga disebut terlibat dalam pembantaian di gereja di Liquica, Timor Timur pada 6 April 1999.
Eurico Guterres mendekam di penjara sejak Mei 2006. Ia sebenarnya sempat melakukan upaya banding, namun gagal.
Meski begitu, Mahkamah Agung mengabulkan permohonan peninjauan kembali Eurico Guterres hingga ia akhirnya bebas pada 2008. Setelah bebas, Eurico Guterres menjadi Ketua DPP Uni Timor Aswain (UNTAS) yang merupakan organisasi yang memayungi warga eks Timor Timur.