Menurut KNKT, kondisi tersebut terjadi karena PPKP Selatan sedang menangani kecelakaan antara KRL dengan taksi listrik. Selain itu, masinis KA 5568A menghubungi PPKP Selatan melalui panggilan individual, bukan panggilan darurat atau emergency call.
KNKT juga menemukan adanya perbedaan realisasi perjalanan kereta api dengan Grafik Perjalanan Kereta Api (Gapeka). KRL KA 5568A berangkat dari Stasiun Bekasi 8 menit 32 detik lebih lambat, sedangkan KA 4B Argo Bromo Anggrek berangkat 3 menit 17 detik lebih awal dari waktu yang ditetapkan dalam Gapeka.
Persoalan lain ditemukan pada sistem komunikasi dan pencatatan waktu. KNKT menemukan perbedaan rujukan waktu pada sejumlah perangkat, mulai dari radio komunikasi di Pusat Kendali Kereta Daop 1 Jakarta, logger lokomotif, logger sistem persinyalan, hingga CCTV.
Kondisi windshield lokomotif KA 4B juga menjadi temuan. Permukaan windshield berbahan polycarbonate ditemukan memiliki banyak goresan wiper dan swirl mark yang membuat sumber cahaya lampu tampak lebih berpendar dari kabin lokomotif.
KNKT turut mencatat pemahaman masinis KA 4B mengenai pengereman darurat pada kecepatan tinggi. Masinis menilai penerapan emergency brake saat rangkaian masih berada di jalur lengkung berpotensi menimbulkan risiko jackknife derailment atau tergulingnya rangkaian.