Sejak itu, jadilah sang mami, Toeti, menjalani peran ganda yaitu sebagai ibu sekaligus ayah bagi delapan anaknya. Toeti harus menjadi tulang punggung bagi Habibie bersaudara.
Pada 1954, Rudy memulai studinya di Jurusan Teknik Mesin di Universitas Indonesia Bandung--yang kini menjadi Institut Teknologi Bandung (ITB). Masa pendidikannya di kampus biru itu hanya berlangsung setahun.
Rudy lantas memutuskan untuk berkuliah di Jerman, yakni di Rhein Westfalen Aachen Technische Hochschule (RWTH). Di sana, dia memilih Jurusan Teknik Penerbangan.
Semasa kuliah di Jerman, Habibie menemukan rumus yang dapat digunakan untuk memprediksi keretakan pada pesawat dengan tingkat akurasi tinggi. Teori keretakan pesawat hasil temuannya itu kemudian dikenal dengan "Faktor Habibie".
Pada 1960, Habibie meraih gelar Diploma Teknik dengan predikat cumlaude. Lima tahun berselang, dia mengantongi gelar Doktor Teknik dengan predikat summa cumlaude. Secara keseluruhan, ada 10 tahun ilmuwan jenius ini menghabiskan masa pendidikannya di Jerman.