Bagi Agus, kekuasaan politik harus sepenuhnya berada di tangan sipil yang dipilih secara demokratis. Institusi militer mesti tunduk pada konstitusi dan hukum, bukan sebagai “penjaga kekuasaan”, melainkan alat negara untuk pertahanan.
Di kalangan perwira senior, banyak sosok dengan pemikiran dan wawasan yang sangat luas dalam bidang sosial politik dan tepat disebut sosok perwira intelektual. Selain Agus Widjojo, kita mengenal almarhum Jenderal Sajidiman Suryohadiprodjo, SBY, ZA Maulani, dan Jenderal Prabowo sendiri.
Kita kenal pemikiran SBY dan think tank yang didirikannya, yakni Brighten Institute dan sekarang The Yudhoyono Institute. Sementara Prabowo dan kawan-kawan (Din Syamsuddin, Fadli Zon, dkk.) pernah mendirikan lembaga think tank CPDS (Center for Policy and Development Studies). Namun, di kalangan jenderal dan perwira sekarang, kita sulit mengenali sosok tentara intelektual seperti Agus Widjojo dan kawan-kawan.
Agus Widjojo sendiri termasuk golongan tentara intelektual, yang pemikirannya banyak tertuang melalui lembaga strategi Lemhannas (Lembaga Ketahanan Nasional). Di lembaga ini, fungsi intelektual dan strategisnya terus berjalan, menyebar ke kalangan elite pemerintahan. Lemhanas yang dipimpinnya adalah dapur pemikiran negara (state strategic thinking), yang membentuk cara pandang elite memahami dinamika sistem modern, civil society, geoekonomi, dan geopolitik. Pendek kata, intelektualisme Agus Widjojo lengkap dan komprehensif, sosok yang belum tentu ada penggantinya.