Tak hanya dituntut memiliki kemampuan fisik yang mumpuni, para anggota Denjaka juga harus memiliki kecerdasan intelektual yang tinggi. Tuntutan ini mesti dipenuhi sejak proses rekrutmen calon anggota, mereka yang ingin lolos harus memiliki IQ tinggi.
Para anggota Denjaka menjalani latihan keras di Bumi Marinir Cilandak, Jakarta Selatan. Pendidikan yang wajib ditempuh di antaranya penanggulangan teror aspek laut (PTAL) selama sembilan bulan.
Pelatihan PTAL meliputi materi seputar taktik, teknik antiteror, antisabotase dan intelijen. Selain itu, ada juga pembekalan seputar cara menembak, renang, bela diri, dan teknik penetrasi rahasia di tiga medan yakni darat, laut, udara.
Para prajurit juga diberikan materi ketahanan interogasi. Mereka dilatih agar tidak memberikan informasi rahasia kepada musuh saat ditawan.
Meski berasal dari matra TNI AL, para personel Denjaka dituntut bisa bertahan dan berperang di segala medan. Demi mencapai hal itu, program pelatihan yang dilakukan terbilang berat.
Jika di laut mereka menempuh latihan berenang dengan kaki dan tangan terikat, di darat mereka diwajibkan mampu bertahan hidup dalam hutan selama berbulan-bulan. Terlebih, mereka tidak dibekali makanan apa pun yang akan menempa kemampuan para prajurit di kondisi ekstrem.
Selain itu, pendidikan prajurit Denjaka bukan lagi mengenai terjun tempur atau terjun payung, melainkan terjun bebas. Waktu latihan para prajurit ini tak hanya dilakukan pada siang, namun juga malam hari.