Untuk membahas penguatan kerja sama di sektor-sektor strategis, kedua Menlu sepakat untuk membentuk mekanisme dialog di tingkat wakil menteri luar negeri.
Selain membahas kerja sama bilateral, kedua Menlu juga melakukan tukar pikiran mengenai situasi di kawasan dan global, antara lain kerja sama Indo-Pasifik, Rakhine State, situasi di Timor Tengah dan Laut China Selatan. Jepang merupakan mitra dagang dan investasi terbesar kedua Indonesia.
Pada periode Januari-September 2019, nilai perdagangan bilateral sebesar 23,85 miliar dolar AS dan nilai investasi Jepang mencapai 3,24 miliar dolar AS dari 2810 proyek.