Presiden juga berhak sewaktu-waktu memberhentikan Kepala dan Wakil Kepala Otorita sebelum masa jabatannya berakhir.
Jabatan Kepala Otorita IKN Nusantara berbeda dengan Gubernur/Bupati/Wali Kota daerah pada umumnya. Pasalnya, Kepala Otorita sejajar dengan Menteri. Hal tersebut tertuang dalam Pasal 5 ayat 4 UU IKN.
"Kepala Otorita Ibu Kota Nusantara merupakan kepala Pemerintah Daerah Khusus Ibu Kota Nusantara yang berkedudukan setingkat menteri, ditunjuk, diangkat, dan diberhentikan oleh Presiden setelah berkonsultasi dengan DPR," bunyi aturan tersebut.