Dalam perjalanan sejarah, KKB Papua berawal dari Organisasi Papua Merdeka yang berdiri pada 1965 lalu. Kelompok tersebut menginginkan Bumi Cenderawasih pisah dari Indonesia. Perlawanan bersenjata mereka lakukan di Manokwari.
Ketika itu pimpinan kelompok tersebut adalah Goliath Tabuni, Puron Wenda dan Richard Hans Yoweni. Lalu muncul pimpinan Kelly Kwalik dan Egianus Kogoya. Kelompok yang paling eksis dan agresif menyerang saat ini dari Egianus Kogoya.
Kelompok Egianus Kogoya pernah membantai puluhan karyawan PT Istaka Karya yang bekerja untuk pembangunan jembatan Jalan Trans Papua di Kali Yigi-Kali Aurak, Distrik Yigi pada Desember 2018 lalu.
Sebenarnya masih ada kelompok lain di antaranya Lekagak Telenggen, Militer Murib, Sabinus Waker, Paniai, dan lainnya. Mereka sering melakukan aksi teror di Papua saat ini.