Perjalanan Indonesia sebagai anggota PBB tidak selalu mulus. Ada satu periode di mana Indonesia keluar dari PBB, yang kemudian diikuti dengan kembalinya sebagai anggota. Pada tahun 1965, Indonesia secara resmi keluar dari PBB sebagai tindakan protes terhadap terpilihnya Malaysia sebagai anggota tidak tetap Dewan Keamanan PBB.
Konflik antara Indonesia dan Malaysia saat itu membuat Presiden Soekarno sangat kecewa terhadap PBB, yang menurutnya terlalu condong kepada negara-negara barat.
Keputusan Indonesia untuk keluar dari PBB juga dipicu oleh perbedaan pandangan antara Indonesia dan Inggris, yang merupakan salah satu anggota tetap Dewan Keamanan PBB. Indonesia melihat Malaysia sebagai ancaman terhadap revolusi Indonesia dan mencurigai bahwa Malaysia adalah boneka Inggris yang akan membahayakan Indonesia.
Namun, Indonesia merasa terisolasi setelah keluar dari PBB dan kesempatan untuk mencapai tujuan nasional menjadi terbatas. Oleh karena itu, setelah pergantian kepemimpinan dari Presiden Soekarno ke Presiden Soeharto, Indonesia mengubah sikapnya terhadap PBB dan kembali menjadi anggota pada tanggal 28 September 1966.
Kembalinya Indonesia ke PBB dilakukan untuk merestorasi citra Indonesia di mata dunia dan untuk memperbaiki hubungannya dengan negara-negara anggota PBB.
Sejak kembali ke PBB, Indonesia telah memainkan peran yang aktif dan konstruktif dalam berbagai masalah global. Keanggotaannya dalam PBB tetap menjadi aset berharga dalam upaya menjaga perdamaian dan keamanan dunia serta mempromosikan pembangunan berkelanjutan.