Dalam menjatuhkan vonis ini, Majelis Hakim mempertimbangkan hal yang memberatkan dan meringankan. Untuk hal yang memberatkan, Rahardjo dinilai tidak mendukung program pemerintah dalam memberantas korupsi dan tidak mengakui perbuatannya.
Hal yang meringankan, terdakwa belum pernah dihukum dan mempunyai tanggungan keluarga.
Vonis tersebut lebih rendah dibanding tuntutan yang diajukan Jaksa Penuntut Umum (JPU) KPK yang menuntut agar Rahardjo divonis 7 tahun penjara ditambah denda Rp600 juta subsider 6 bulan kurungan. Putusan uang pengganti juga jauh lebih rendah dibanding tuntutan JPU KPK yang meminta agar Rahardjo membayar uang pengganti Rp60,32 miliar.
Hakim menyebut Rahardjo dan PT CMI Teknologi telah menikmati keuntungan sebesar Rp60,329 miliar dan juga memperkaya orang lain yakni mantan staf khusus bidang perencanaan dan keuangan Bakamla Ali Fahmi alias Fahmi Habsyi sebesar Rp3,5 miliar.
Terhadap putusan tersebut baik Rahardjo maupun JPU KPK menyatakan pikir-pikir selama 7 hari kedepan.