Setelah itu, dia lulus dengan pangkat sersan kader pada tahun 1946 dan diangkat sebagai intel untuk operasi penyelundupan senjata melalui blokade Belanda dan dikirim ke Tegal. Rais kemudian dikirim ke Palembang untuk menemui Adnan Kapau Gani, Gubernur Militer Sumatera Selatan yang menyiapkan logistik untuk operasi intelijennya.
Tak lama kemudian, Rais dipromosikan menjadi letnan dua dan dia dikirim ke Singapura untuk menyelundupkan senjata. Rais ditempatkan di divisi 1, dengan Jenderal Sudirman sebagai komandannya.
Dia juga sempat mengenyam pendidikan di Fakultas Ekonomi Universitas Kristen Indonesia pada tahun 1952, meskipun dia keluar dua tahun kemudian untuk mengejar karier militer. Dia kemudian kuliah di Sekolah Staf Umum dan Komando Angkatan Darat Indonesia selama dua tahun hingga lulus pada tahun 1956 dengan pangkat Mayor.
Rais Abin kemudian ditempatkan di Kodam Nusa Tenggara sebagai Wakil Kepala Staf dari tahun 1956 sampai 1958. Dia dipindahkan ke Sulawesi Selatan pada tahun 1961 dengan pangkat Letnan Kolonel dan menjadi Kepala Staf Harian Panglima Perang Sulawesi Selatan dan Sulawesi Tenggara.
Rais kemudian ditempatkan di Bandung dengan pangkat kolonel. Berpindah-pindah tempat, Rais Abin pun mencicipi berbagai jabatan seperti instruktur di Pusat Infanteri di Bandung dan sebagai asisten manajemen dan kontrol dari tahun 1965 dan 1969.
Pada tahun 1973, Rais dipromosikan menjadi Brigadir Jenderal dan menjadi Wakil Komandan Sekolah Staf dan Komando Angkatan Darat Indonesia.