Djoko Saputro merupakan tersangka dalam kasus suap pengadaan pekerjaan jasa konsultasi di Perum Jasa Tirta (PJT) II tahun 2017. Dalam perkara ini Djoko diduga telah memerintahkan relokasi anggaran perusahaan.
Pada saat dirinya menjabat sebagai dirut pada 2016, Djoko diduga menambahkan anggaran untuk pekerjaan Pengembangan Sumber Daya Manusia dan Strategi Korporat yang awalnya Rp2,8 miliar kemudian membengkak menjadi Rp9,55 miliar.
Kedua pekerjaan itu dikerjakan perusahaan air yakni PT Bandung Management Economic Center dan PT 2001 Pangripta.
Ada dugaan penunjukan perusahaan tersebut dilakukan lewat sejumlah manipulasi. Dari perbuatan Djoko, terindikasi merugikan negara sebanyak Rp3,6 miliar.
Djojo disangkakan melanggar Pasal 2 ayat (1) atau Pasal 3 Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi juncto Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP.