Sebagai kotama Operasional dan Pembinaan, yang wilayah kerjanya terbentang dari dari Sabang sampai Merauke dan dari Miangas hingga Pulau Rote, Koarmada RI memiliki 3 Koarmada yang bertanggung jawab membina dan mengoperasionalkan Sistem Senjata Armada Terpadu (SSAT) yang terdiri dari Kapal Perang, Pesawat Udara, Marinir dan Pangkalan.
Komando Armada I berkedudukan di Jakarta, dipimpin oleh Laksamana Muda TNI Arsyad Abdullah. Bertanggung jawab atas pembinaan dan operasional komandonya di wilayah Perairan Barat Indonesia, yang terbentang dari Utara ke Selatan yang ditandai oleh garis imajiner yang membelah Kalimantan Bagian Barat hingga Cirebon.
Komando Armada II yang berkedudukan di Surabaya dipimpin oleh Laksamana Muda TNI Iwan Isnurwanto. Bertanggung jawab atas pembinaan dan operasional komandonya di wilayah Perairan Bagian Tengah Indonesia yang ditandai oleh garis imajiner berbatasan dengan wilayah kerja Koarmada 1 di sebelah barat dan garis imajiner yang terbentang dari Utara ke Selatan di ALKI 3.
Terakhir, Komando Armada III yang berkedudukan di Sorong, dipimpin Laksamana Muda TNI Irvansyah. Bertanggung jawab atas pembinaan dan operasional komandonya di wilayah Perairan Timur Indonesia yang sebelah baratnya ditandai berbatasan dengan wilayah kerja Koarmada II di ALKI 3.