Latar belakang DI/TII di Aceh terjadi karena berbagai permasalahan yang kompleks. Pertama, adanya penghapusan status Provinsi Aceh. Kedua, adanya peristiwa Razia Agustus 1951. Ketiga, konflik antara ulama dan uleebalang.
Berbagai permasalahan membuat kekecewaan rakyat Aceh terhadap pemerintah pusat makin besar. Pada Kongres Ulama 21 April 1953, Tengku Muhammad Daud Beureu’eh menyatakan gagasan untuk para ulama berjuang mendirikan NII.
Setelah melakukan kontak dengan Kartosoewirjo, Tengku Muhammad Daud Beureu’eh mulai persiapan pemberontakan. Tanggal 21 September 1953, Tengku Muhammad Daud Beureu’eh memproklamasikan berdirinya NII di Aceh, sekaligus dimulainya pemberontakan DI/TII di Aceh.
Gerakan DI/TII terus melakukan serangan-serangan hingga bertahun-tahun lamanya. Mereka melancarkan perang gerilya, melakukan sabotase terhadap alat-alat perhubungan, dan meneror rakyat.
Untuk mengatasi pemberontakan DI/TII di aceh, pemerintah pusat melakukan Militaire Bijstand (Daerah Bantuan Militer). Setelah melakukan operasi militer, penyelesaian terhadap pemberontakan dilakukan melalui jalan damai.
Daud Beureu’eh menolak hasil perundingan dan tetap melanjutkan pemberontakan. Perdamaian dengan kelompok Daud Beureu’eh terus dilakukan, hingga akhirnya perdamaian berhasil dicapai pada tahun 1962 yang menandakan berakhirnya pemberontakan DI/TII di Aceh.
Pemberontakan DI/TII di Sulawesi Selatan dilatarbelakangi adanya ketidakpuasan di kalangan bekas pejuang gerilya kemerdekaan yang tergabung dalam Kesatuan Gerilya Sulawesi Selatan (KGSS) terhadap kebijakan pemerintah pusat terkait pembentukan Tentara nasional Indonesia/Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat (TNI/APRIS).
Jalannya pemberontakan DI/TII di Sulawesi selatan dipimpin oleh Kahar Muzakkar, Pemimpin KGSS dan berlangsung cukup lama, yakni sekitar 12 tahun lamanya. Pada periode 1953-1965, Kahar Muzakkar menyebutnya sebagai masa revolusi Islam, dengan salah satu operasinya yang terkenal yaitu Operasi Toba.
Operasi tersebut bertujuan untuk menghilangkan berbagai hal yang dilarang dalam ajaran agama Islam. Keberadaan gerakan Kahar Muzakkar telah mengancam kedamaian rakyat sipil karena kerap kali terjadi pertempuran antara pemberontak dan pasukan pemerintah.
Dalam upaya mengatasi pemberontakan DI/TII di Sulawesi Selatan, pemerintah melancarkan operasi militer, Operasi Merdeka dan Operasi Halilintar. TNI juga melancarkan Operasi Musafir.
Operasi militer terhadap pemberontakan DI/TII di Sulawesi Selatan berakhir pada Februari 1965, setelah Kahar Muzakkar tewas ditembak.