Di bawah kendali VOC, Indonesia mengalami eksploitasi besar-besaran. Namun, pada tahun 1799, VOC mengalami kebangkrutan akibat korupsi, ketidakmampuan manajemen, dan perang yang berkepanjangan. Dengan runtuhnya VOC, kekuasaan di Indonesia beralih langsung ke pemerintah Belanda.
Pemerintahan kolonial Belanda memperkenalkan sistem tanam paksa atau cultuurstelsel pada tahun 1830. Sistem ini memaksa rakyat Indonesia menanam tanaman ekspor seperti kopi, tebu, dan nila yang sangat menguntungkan bagi Belanda. Sistem ini menyebabkan penderitaan luar biasa bagi rakyat Indonesia karena mereka kehilangan tanah dan kebebasan untuk mengelola lahan mereka sendiri. Eksploitasi yang berlebihan ini menimbulkan kemiskinan, kelaparan, dan protes di berbagai daerah.
Selanjutnya: Perlawanan Bangsa Indonesia
Perlawanan terhadap kolonialisme Belanda muncul dari berbagai wilayah. Di Aceh, perang berkepanjangan berlangsung dari tahun 1873 hingga 1904. Di Jawa, Pangeran Diponegoro memimpin Perang Jawa (1825-1830) yang menjadi salah satu perlawanan terbesar terhadap Belanda. Meski perlawanan ini pada akhirnya berhasil dipadamkan oleh Belanda, semangat anti-kolonial terus berkobar di seluruh nusantara.
Pada awal abad ke-20, muncul gerakan nasionalis yang menuntut kemerdekaan Indonesia. Organisasi seperti Budi Utomo (1908) dan Sarekat Islam (1912) mulai memperjuangkan hak-hak rakyat Indonesia dan menyuarakan pentingnya kemerdekaan. Perjuangan ini semakin menguat setelah Belanda memperkenalkan kebijakan politik etis, yang antara lain bertujuan memberikan pendidikan kepada rakyat Indonesia. Namun, niat tersebut justru melahirkan kaum intelektual yang semakin sadar akan ketidakadilan kolonialisme.
Selanjutnya: Kedatangan Jepang
Namun, masa penjajahan Belanda tidak berlangsung mulus. Pada tahun 1942, di tengah Perang Dunia II, Jepang menginvasi Indonesia. Jepang datang dengan janji membebaskan rakyat Indonesia dari penjajahan Belanda, dan mereka awalnya disambut baik oleh sebagian rakyat Indonesia. Namun, tak lama kemudian, Jepang menunjukkan watak penjajahnya. Mereka memaksa rakyat Indonesia bekerja keras melalui sistem kerja paksa (romusha) dan mengeksploitasi sumber daya alam untuk kepentingan perang mereka.