Perlawanan terhadap Belanda tidak hanya terjadi di wilayah Batak, tetapi juga melibatkan wilayah Aceh. Pada 1870-an, Belanda mulai berinteraksi dengan masyarakat Batak, khususnya dalam upaya penyebaran agama Kristen. Sisingamangaraja XII memimpin perlawanan rakyat Tapanuli terhadap Belanda karena agama Batak mereka terancam oleh penyebaran agama Kristen.
Perlawanan Sisingamangaraja XII bukan hanya tentang agama, tetapi juga melibatkan penolakan terhadap kebijakan Belanda yang ingin menguasai wilayah Batak untuk memperluas kekuasaannya. Pada tahun 1877, misionaris di Silindung dan Bahal Batu meminta bantuan kepada Belanda, melaporkan ancaman pengusiran oleh Raja Sisingamangaraja XII.
Pada 6 Februari 1878, pasukan Belanda tiba di Pearaja, Sumatra Utara dan bergabung dengan misionaris Kristen. Datangnya pasukan Belanda menjadi pemicu serangan Sisingamangaraja XII, dan perang resmi dimulai pada 16 Februari 1878.
Aliansi antara Aceh dan Sisingamangaraja XII awalnya berhasil menduduki wilayah pedalaman Sumatra Utara. Namun, ketika memasuki wilayah kota, pasukan tersebut dihadang oleh pasukan Belanda. Perang berlanjut seimbang selama tahun 1880-an, hingga pada akhirnya serangan Sisingamangaraja XII pada Agustus 1889 berhasil menduduki daerah Lobu Talu dan melumpuhkan tentara Belanda.
Keberhasilan ini sayangnya tidak berlangsung lama, karena Belanda mendatangkan bantuan dari Padang untuk merebut kembali Lobu Talu. Pada September 1889, wilayah Hutan Paong jatuh ke tangan Belanda dan perlawanan Sisingamangaraja mulai meredup.