Jalan kedua, Islam harus dipisahkan dalam negara jika ingin menjadi sebuah negara maju. Pemikiran kedua termasuk yang diprakarsai oleh Soekarno.
Karena itu, kata Mahfud, Bung Karno pernah menulis di Majalah Panji Islam sejak 1938 tentang pemikiran tersebut. Di antaranya, ‘Memudahkan Pengertian Islam’, ‘Apa Sebab Turki Memisah Agama dari Negara’, ‘Masyarakat Onta dan Masyarakat Kapal Udara’ dan ‘Islam Sontoloyo’.
Karena ada dua sudut pandang berbeda, Bung Karno kemudian mengkompromikan pemikiran tersebut. Masukan-masukan yang ada, kata Mahfud, diserap dan kemudian diaplikasikan dalam bentuk ideologi negara bernama Pancasila.