Majelis Masyayikh berposisi sebagai lembaga penjamin mutu di tingkat pusat yang memfasilitasi pesantren di seluruh Indonesia mempertahankan kekhasannya dan pada saat yang sama mengadopsi berbagai muatan lain yang relevan. Sementara Dewan Masyayikh di level satuan lembaga akan menjadi pengimplementasi penjaminan mutu di lingkup instutusi pendidikan.
“Dewan Masyayikh bukan lah lembaga di luar pesantren, melainkan lembaga penjaminan internal yang ada di dalam pesantren itu sendiri. Dewan Masyayikh ini memiliki anggota yang diakui oleh Majelis Masyayikh,” tuturs pengasuh pesantren Mahyal Ulum Al-Aziziyah, Sibreh, Aceh Besar ini.
Dengan adanya standar baku mutu universal, diharapkan pesantren di seluruh Indonesia dapat terus meningkatkan mutu pendidikan dan tetap menjaga kekhasan serta keunggulan yang dimiliki masing-masing pesantren. Selain itu pesantren juga akan semakin diakui sebagai bagian integral dari sistem pendidikan nasional. Hal ini akan mengukuhkan kontribusi pesantren dalam mencetak generasi penerus yang berkarakter dan memiliki keilmuan yang baik.