Nyono ditangkap penyidik KPK Sabtu, 3 Februari 2018, sore di salah satu restoran cepat saji di Stasiun Solo Balapan. Saat itu Nyono menunggu keberangkatan kereta menuju Jombang.
Dari operasi tangkap tangan tersebut, KPK menyita barang bukti berupa uang tunai yang diduga sisa uang pemberian dari Pelaksana Tugas (Plt) Kepala Dinas Kesehatan Pemkab Jombang Inna Silestyowati Rp25.550.000 dan USD9.500.
Nyono sudah di-nonaktifkan dari jabatannya sebagai Ketua DPD Jawa Timur Partai Golkar. Penonaktifan Nyono setelah resmi ditetapkan tersangka oleh KPK terkait kasus suap.