Ketika memasuki ruangan utama masjid, akan terasa nuansa yang klasik. Beberapa bagian tembok masjid dilapisi dengan kayu dan juga terdapat tiga buah lampu klasik.
Masjid ini ditopang dengan empat buah tiang dengan bahan kayu berjenis jati. Di masjid ini juga terdapat beberapa batuan yang ukurannya cukup besar. Setidaknya ada lebih dari 10 batu dengan berbagai macam warna.
Di Masjid Perahu terdapat sebuah perpustakaan. Di perpustakaan ini tampak sampul Alquran yang berukuran cukup besar.
Lokasi Masjid Perahu memang cukup sulit ditemukan dari jalan besar. Masjid ini tampak hanya bisa diakses dengan kendaraan roda dua.