Berikutnya, Inmendagri Nomor 40/2021, merupakan instruksi tentang pemberlakuan PPKM level 4 meliputi wilayah Sumatera, Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara dan Papua. Inmendagri tersebut berlaku sejak 7-20 September 2021.
Penetapan level wilayah dalam instruksi ini berpedoman pada indikator penyesuaian upaya kesehatan masyarakat dan pembatasan sosial dalam penanggulangan pandemi Covid-19 yang ditetapkan oleh Menteri Kesehatan.
Sedangkan, Inmendagri Nomor 41/2021 mengatur tentang penerapan PPKM level 3, 2 dan 1. PPKM dengan kriteria level ini mempertimbangkan kriteria zonasi pengendalian wilayah hingga tingkat RT.
Kriteria level wilayah ditentukan berdasarkan asesmen sesuai dengan pedoman yang ditetapkan oleh Menteri Kesehatan. Instruksi Mendagri Nomor 37/2021 juga mulai berlaku sejak 7-20 September 2021.