Setelah lulus SMP, Presiden kedua republik ini sebenarnya sempat berkeinginan untuk melanjutkan pendidikannya ke jenjang yang lebih tinggi. Namun, hal tersebut tidak terlaksana akibat kendala ekonomi.
Hingga pada tahun 1942, Soeharto melihat pengumuman penerimaan anggota Koninklijk Nederlands Indisce Leger (KNIL) atau tentara kerajaan Belanda. Soeharto pun mendaftarkan diri dan diterima sebagai tentara.
Namun sayangnya, Soeharto hanya sempat bertugas selama tujuh hari dengan pangkat Sersan karena Belanda telah menyerah pada Jepang.
Presiden yang terkenal cerdas ini memilih Teknik Mesin di Fakultas Teknik ITB untuk jurusan kuliah S1 di tahun 1954. Setahun setelahnya, tepatnya tahun 1955-1965, orang yang menjabat sebagai presiden ketiga Indonesia ini melanjutkan pendidikan di Aeronautika dan Astronautika (Teknik Penerbangan) dengan memilih spesialisasi Konstruksi Pesawat Terbang di Rhein Westfalen (RWTF) Aachen, Jerman Barat.
Habibie menerima gelar Diplom Ingenieur pada 1960, serta Doktor Ingenieur pada 1965 dengan predikat terbaik yaitu Summa Cum Laude.