Namun sesampainya di Solo, Djatikusumo mendapat telegram dari Urip Sumoharjo untuk segera ke Markas Komando di Jakarta. Namun baru sampai Cikampek, Markas Urip Sumoharjo ternyata sudah dipindah ke Bandung sehingga Djatikusumo memutuskan kembali ke Solo untuk berada di tengah-tengah anggotanya. Sayangnya, begitu tiba di Solo ternyata posisinya sudah digantikan sehingga Djatikusumo tidak memiliki jabatan lagi.
Mendapat informasi akan ada perluasan divisi, Djatikusumo memutuskan untuk Yogyakarta untuk bertemu Urip Sumoharjo. Saat itu, Djatikusumo ditawari untuk memilih jabatan. Mendapat tawaran itu, Djatikusumo memilih kembali bertugas di Semarang memimpin Divisi IV yang berlokasi di Salatiga meliputi Pekalongan, Semarang, dan Pati dengan pangkat Mayor Jenderal (Mayjen) terhitung sejak November 1945 hingga Juni 1946.
Tak lama kemudian, Djatikusumo dipindahtugaskan menjadi Panglima Divisi V Ronggolawe. Selain dipindah, pangkat Djatikusumo juga diturunkan lebih rendah dua tingkat yakni, Kolonel.
Penurunan pangkat tersebut akibat kebijakan Reorganisasi dan Rasionalisasi (RERA) di TNI. Dengan kebijakan itu, Djatikusumo memiliki jabatan yang sama namun dengan Kolonel. Meski diturunkan pangkatnya, hal itu tidak menyurutkan semangat pengabdian Djatikusumo sebagai prajurit TNI.
“Yang penting bukan jabatannya, tetapi yang penting tugasnya,” ucapnya.
Djatikusumo pun mengemban amanah tersebut dan bermarkas di Mantingan Blora, kemudian pindah ke Cepu. Hingga akhirnya pimpinan militer mengangkat Djatikusumo sebagai KSAD pertama dalam Kementerian Pertahanan (Kemhan) di Yogyakarta terhitung sejak Februari 1948 dan bermarkas di Benteng Vredenburgh, Yogyakarta. Pengangkatan Djatikusumo berdasarkan penetapan Presiden Nomor 14 Tahun 1948 tertanggal 14 Mei.