Dia juga mengajak para raja di Maluku untuk sejenak menyisihkan perselisihan di antara mereka guna melawan Portugis. Pada 1570, Sutan Baabullah memimpin langsung pengepungan ke Benteng Gamlamo untuk mengusir Portugis. Dia berhasil mengusir penjajah dalam waktu singkat.
Kemudian, Sultan Baabullah juga berhasil mengusir Portugis dari Ambon dengan mengirim pasukannya pada 1570-1571. Keberhasilan demi keberhasilan diraih Sultan Baabullah dalam mengusir Portugis. Termasuk memimpin pengusiran Portugis di Buton, Selayar, dan Makassar dari tahun 1571-1575.
Tahun 1575 Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis selamanya dari Ternate dan menjadikan Ternate sebagai sentra perdagangan cengkeh di Maluku dengan jaringan internasional.
Tahun 1579-1580, Kesultanan Ternate menjalin hubungan dengan Kerajaan Inggris. Tahun 1580-1583 Sultan Baab juga memimpin perlawanan kepada Spanyol di Filipina.
Alhasil, Sultan Baabullah dikenang sebagai sultan penguasa 72 pulau di timur Indonesia karena kekuasannya yang mencakup sebagian besar Kepulauan Maluku, Sangihe, dan sebagian dari Sulawesi. Pengaruh Ternate pada masa kepemimpinannya bahkan mampu menjangkau Solor (Lamaholot), Bima (Sumbawa bagian timur), Mindanao hingga Raja Ampat.