Namun, Moeldoko tidak memungkiri adanya fenomena baru yang berkembang di Papua karena kelompok bersenjata mulai menyerang fasilitas umum seperti sekolah. Bahkan menargetkan penyerangan terhadap guru dan para dokter.
Dia pun mengatakan bahwa persoalan ini tidak bisa diabaikan. Namun, walaupun begitu, pemerintah Indonesia mengirimkan tentara ke Papua untuk membantu pihak kepolisian, bukan untuk tujuan operasi militer.
Moeldoko menegaskan bahwa operasi militer yang dilakukan di Papua adalah untuk pengamanan perbatasan.
"Sewaktu saya masih menjabat sebagai Panglima TNI, doktrin saya kepada prajurit saya adalah bahwa tentara yang akan berangkat ke Papua harus menaruh cangkul di depan, senjata dikalungkan belakang. Itu artinya pendekatan kesejahteraan adalah nomor satu," katanya
Maknanya, kata dia, adalah kedatangan prajurit harus bisa mengubah situasi sulit jadi mudah dan miskin menjadi sejahtera. Para tentara juga diharapkan dapat memberikan pembelajaran dan bantuan kesehatan bagi warga Papua.