Pada kurun 1965 Widodo kembali bertugas di Kodam Diponegoro. Bukan perkara mudah karena saat itu PKI sedang membabi-buta ingin merongrong kekuasaan negara. Di Jakarta, terjadi gerakan 30 September. Di berbagai daerah, gerombolan komunis masih terus bergerak termasuk di Jawa Tengah.
Di sinilah titik balik karier Mayor Widodo. Datang ke ‘kandang singa’ tak menciutkan nyalinya. Widodo gerak cepat menumpas PKI di Yogyakarta dan gerombolan DI/TII di Brebes. Dia juga agresif menghabisi sisa-sisa gerakan PKI termasuk mengganyang kelompok Mbah Suro di Gunung Kendeng, Blora. Kesuksesannya itu berbuah pecah bintang. Serdadu asal Yogya ini resmi berpangkat Brigjen.
Kariernya kian meroket. Berdasarkan SK Panglima Angkatan Darat Nomor: Kep-770/7/1968 tertanggal 6 Juli 1968, Widodo dipromosikan sebagai Pangdam III/17 Agustus di Sumatera Barat. Setelah itu dia menjadi Pangdam VII/Diponegoro (1970-1973). Mantan Danrem 072/Pamungkas Kodam VII/ Diponegoro (1965) ini lantas ditunjuk sebagai Panglima Kowilhan I/Sumatera (1973-1974) dan selanjutnya Panglima Kowilhan II/Jawa, Bali dan Nusa Tenggara pada 1974-1977.
Tentara yang pernah mengenyam pendidikan militer ternama di Fort Benning, Amerika Serikat itu mencapai puncak karier pada 1978. Soeharto memberi lampu hijau sebagai pengganti Jenderal TNI Makmun Murod. Di lapangan parkir timur Senayan pada 28 Januari 1978, Widodo dilantik sebagai KSAD ke-12.
Kendati demikian jabatan itu hanya berlangsung sekitar dua tahun. Cara Widodo memberikan ruang bagi purnawirawan jenderal yang gemar mengkritik pemerintah melalui wadah Fosko AD membuat Soeharto tak senang. Pada 30 April 1980 posisinya digantikan Jenderal TNI Poniman.
Widodo meninggal dunia di Jakarta pada 19 Februari 1993 dalam usia 68 tahun. Jenazahnya dimakamkan di Pemakaman Keluarga di Yogyakarta.