Operasi kontraterorisme itu menuai pujian dari dalam dan luar negeri karena seluruh penumpang pesawat berhasil diselamatkan. Kelompok teroris dari Komando Jihad juga dilumpuhkan seluruhnya.
Pemimpin Komando Jihad, Imran bin Muhammad Zein ditangkap. Dalam persidangan di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat dia dihukum dengan pidana mati.