Dia pun melanjutkan program sarjana jurus jurusan studi Agama Islam (Fiqih dan Ushuk Fiqh) ke King Saud University yang ditempuh selama empar tahun. Lalu di tahun 1990, Habib Rizieq lulus lengkap dengan predikat Cum Laude.
Habib Rizieq sempat mengambil program pascasarjana di Universitas Islam Internasional Malaysia selama satu tahun. Namun dia kembali ke tanah air sebelum magisternya selesai karena alasan biaya.
Setelah beberapa tahun, akhirnya dia mampu melanjutkan pendidikannya di bidang Syari'ah dan meraih gelar Master of Arts (M.A.) pada tahun 2008 di Universitas Malaya dengan tesis berjudul "Pengaruh Pancasila Terhadap Pelaksanaan Syariat Islam di Indonesia.
Pada tahun 2012, Habib Rizieq kembali ke Malaysia dan melanjutkan program pendidikan doktor dalam program Dakwah dan Manajemen di Fakultas Kepemimpinan dan Pengurusan Universiti Sains Islam Malaysia (USIM).
Saat ini dia sedang menyelesaikan disertasinya yang berjudul ‘Perbedaan Asal dan Cabang Ahlussunah Wal Jama'ah) di bawah pengawasan Prof. Dr. Kamaluddin Nurdin Marjuni dan Dr. Ahmed Abdul Malek dari Nigeria’.