Tanah Abang - Karet - Sudirman - Manggarai - Matraman - Jatinegara
Duri - Angke Kampung Bandan - Rajawali - Kemayoran - Pasar Senen - Gang Sentiong - Kramat - Pondok Jati - Jatinegara
Tanah Abang - Palmerah - Kebayoran - Pondok Ranji - Jurang Mangu - Sudimara - Rawa Buntu - Serpong - Cisauk - Cicayur - Parung Panjang - Cilejit - Daru - Tenjo - Tigaraksa - Cikoya - Maja - Citeras - Rangkasbitung
Duri - Grogol - Pesing - Taman Kota - Bojong Indah - Rawa Buaya - Kalideres - Poris - Batu Ceper - Tanah Tinggi - Tangerang
Selain rute KRL, KAI Commuter LIne juga memiliki KA Lokal bernama Merak Local Line yang menghubungkan Rangkasbitung sampai Merak. Berikut rutenya
Sementara itu, pengguna rute KRL juga diharuskan menggunakan uang elektronik saat memakai jasa KAI Commuter LIne. Uang elektronik yang dikeluarkan oleh bank atau KMT (Kartu Multi Trip) yang bisa dibeli dan diisi ulang di loket stasiun.