Puncak pengabdiannya di dunia ekonomi datang saat ia diangkat sebagai Menteri Koordinator Bidang Ekonomi, Keuangan, dan Industri (Menko Ekuin) pada era Presiden Abdurrahman Wahid (Gus Dur) tahun 1999—2000.
Kiprahnya berlanjut pada kabinet berikutnya di bawah Presiden Megawati Soekarnoputri, sebagai Menteri Negara Perencanaan Pembangunan Nasional/Ketua Bappenas periode 2001—2004.
Di dua periode penting itu, Kwik Kian Gie dikenal berperan aktif menggagas kebijakan ekonomi kerakyatan, memperjuangkan keadilan ekonomi, transparansi, serta gigih melawan praktik KKN (korupsi, kolusi, dan nepotisme).
Atas kontribusi dan dedikasi luar biasa, Kwik Kian Gie dianugerahi Bintang Mahaputera Adipradana oleh pemerintah Indonesia—salah satu tanda kehormatan tertinggi yang diberikan untuk tokoh nasional. Tak cuma di lingkup ekonomi, dedikasinya di dunia pendidikan dan komitmen memperjuangkan keadilan sosial, nasionalisme, serta integritas bangsa diakui banyak pihak, baik dari akademisi, pelaku usaha, pejabat pemerintah hingga generasi muda.
Terlepas dari jabatan formal, Kwik Kian Gie tetap vokal memberikan kontribusinya untuk negeri melalui tulisan-tulisan, diskusi, seminar, hingga nasihat kritis terhadap jalannya pemerintahan dan ekonomi.