Mu’ti mulai aktif di Muhammadiyah pada 1987. Ketika itu, ia pertama kali menjadi anggota dan pimpinan Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (IMM) komisariat Al-Faruqi IAIN Walisongo. Kiprahnya di Muhammadiyah terus berlanjut. Ia pun ikut menjadi pengurus di sayap pemuda Muhammadiyah. Ia dipercaya menjadi ketua umum Pimpinan Pusat Pemuda Muhammadiyah sejak 2002 hingga 2006 dan melanjutkan estafet kepemimpinan dari nama-nama besar, seperti Din Syamsuddin dan Hajriyanto Thohari.
Pada Muktamar Muhammadiyah 2010 di Yogyakarta, Mu’ti terpilih menjadi anggota Pimpinan Pusat Muhammadiyah. Selama lima tahun kepengurusan, ia menerima amanah sebagai sekretaris. Kiprah Mu’ti di persyarikatan yang didirikan KH Ahmad Dahlan itu terus meningkat. Pada Agustus lalu, dalam Muktamar Muhammadiyah di Makassar, tim formatur menunjuknya sebagai sekretaris umum PP Muhammadiyah.
Mu’ti mengaku, studi S-2 di Australia merupakan hal penting dalam hidupnya. Selama merantau, katanya, ia tidak hanya mematangkan karier akademik, tetapi juga kepemimpinan dan membangun jejaring nasional dan internasional.
Sederet capaian gemilang telah Mu’ti raih. Meski begitu, seluruhnya ia kembalikan sebagai hasil dari proses panjang hidup dan dukungan yang ia terima. “Apa yang saya capai sekarang adalah buah dari pendidikan, doa orang tua, dan yang paling utama rahmat Allah SWT,” ungkapnya. Selamat mengemban tugas barunya Prof.