Sebelum terjun ke dunia politik dan pemerintahan, Andi Widjajanto memulai karirnya sebagai seorang akademisi. Ia menjadi dosen tetap di Universitas Indonesia, tempat ia berbagi pengetahuannya dan pengalaman dalam bidang hubungan internasional.
Selama berkiprah di dunia akademik, Andi Widjajanto terlibat dalam berbagai studi terkait isu-isu militer dan pertahanan. Salah satu kontribusinya yang mencolok bukunya berjudul "Hubungan Intelijen-Negara 1945-2004" yang diterbitkan pada tahun 2008. Karya ini memberikan wawasan mendalam tentang peran intelijen dalam negara.
Selain itu, Andi terlibat dalam penelitian "Reformasi Militer 2009-2014" yang merupakan hasil kerja sama antara Pacivis (Pusat Kajian Global Civil Society) Universitas Indonesia dan Friedrich Ebert Stiftung dari Jerman. Penelitian ini merupakan kontribusi berarti dalam memahami perubahan dan reformasi di tubuh militer Indonesia.
Andi Widjajanto memulai perjalanannya dalam dunia pemerintahan pada tahun 2014, ketika ia dipercaya untuk menjabat sebagai Sekretaris Kabinet selama masa pemerintahan Joko Widodo-Jusuf Kalla. Posisi ini memerlukan kebijakan dan manajemen yang cermat dalam membantu presiden dalam menjalankan tugas-tugasnya. Meskipun jabatannya tak berlangsung lama dan digantikan pada tahun 2015, pengalaman ini menjadi landasan yang kuat dalam kariernya di pemerintahan.
Pada tahun 2016 Andi Widjajanto diangkat menjadi Penasihat Senior Kantor Staf Kepresidenan. Dalam posisi ini, ia memberikan nasihat kepada Kepala Staf Kepresidenan dan terlibat dalam perumusan kebijakan pemerintah. Andi menjadi salah satu penasihat senior yang berpengaruh dalam keputusan-keputusan strategis pemerintahan Indonesia.