Anggito menyelesaikan pendidikan Sarjana Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan Universitas Gadjah Mada pada 1985. Setelah itu, Ia melanjutkan studi master di University of Pennsylvania, Philadelphia, Amerika Serikat (AS) pada 1990. Dia juga menyelesaikan gelar doktor di University of Pennsylvania, Philadelphia, AS.
Pada bidang akademik, Anggito tercatat sebagai seorang dosen di Fakultas Ekonomika dan Bisnis UGM selama 30 tahun, yakni sejak 1988 hingga 2018.
Selama menjadi dosen, Dia juga pernah diamanahi untuk menjadi seorang direktur P2EB (Penelitian dan Pelatihan Ekonomi dan Bisnis) FEB UGM pada 2010-2012.