Perwira tinggi TNI AL itu mengawali karier dengan menjabat sebagai Komandan Peleton (Danton) 3 Kompi A Yonif Brigif 2 pada 1997. Satu dekade berselang, dia ditunjuk sebagai Perwira Seksi Operasi (Pasi 2) Yonif 2 Brigif 2 Pasmar.
Kemudian pada 2008 dia dipercaya mengemban tugas sebagai Komandan Detasemen Bekang (Dandenbek) Lanmar Jakarta. Kemudian pada 2010, dia ditunjuk sebagai Pelaksana Sementara (PS) Komandan Batalyon Marinir Pertahanan Pangkalan (Danyon Marhanlan) III Jakarta.
Dia dipercaya menjadi Komandan Yonif 2 Brigif 2 Pasmar 2 Kormar serta menjadi Perwira Seksi Operasi (Pasops) di satuan yang sama pada 2012 saat berpangkat Letnan Kolonel.
Profil Brigjen TNI (Mar) Harry Indarto semakin moncer setelah ditunjuk Asisten Operasi (Asops) di Denma Mabes TNI pada 2017. Kariernya terus menanjak hingga dipercaya menjadi Koorsmin Kepala Staf Angkatan Laut (KSAL) pada 2019, Komandan Pangkalan TNI AL (Danlanal) Yogyakarta di bawah Lantamal V Surabaya, Koarmada II pada 2020.
Dia kemudian menjabat sebagai Sahli B Bidang Latihan di Korps Marinir dan Komandan Brigif 4 Marinir/BS pada 2021.
Rekam jejak yang cemerlang membuat Harry memimpin Yonif 7 Marinir hingga meraih predikat Batalyon Teladan TNI AL pada 2022. Dia lalu mengemban tugas sebagai Danlantamal III Jakarta sejak 2023.