Ayahnya bernama Muhammad Iskandar yang merupakan guru di Pesantren Mamba'ul Ma'arif, sementara ibunya bernama Muhasonah Iskandar. Tak lama, ayahnya kemudian menjadi pemimpin pesantren Mamba’ul Ma’arif.
Cak Imin memiliki beberapa saudara kandung yang bernama Muniroh, Abd. Halim Iskandar, Hasbiah, Abd. Alam dan Istiqomah. Kakaknya Abdul Halim Iskandar kini menjabat sebagai Menteri Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal dan Transmigrasi (Mendes PDTT).
Cak Imin menikah dengan Rustini Murtadho dan dikaruniai tiga orang anak bernama Mega Safira, Rahma Arifa dan Egalita Az-Zahra.
Sejak kecil, Cak Imin dekat dengan pamannya Abdurrahman Wahid atau yang lebih dikenal dengan Gus Dur yang menjadi Presiden RI ke-4 pada tahun 1999. Menurut Cak Imin, ia mengenal Gus Dur sebagai guru dan pedagang kacang, bahkan Gus Dur juga pernah mengajarinya bermain sepak bola.
Cak Imin aktif membagikan kegiatannya sebagai pimpinan DPR RI dan juga Ketua Umum Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) di akun Instagramnya @cakiminow yang memiliki 2,1 juta follower.