Sisca mengecam tindakan militer terhadap para pemimpin Gerakan Wanita Indonesia. Dia dan rombongannya menolak kehadiran delegasi yang dipimpin Brigadir Jenderal Latief Hendraningrat, pendukung Soeharto, dalam konferensi di Kuba.
Akibatnya, Soeharto memblokir paspor Sisca dan rekan-rekannya, sehingga mereka tidak bisa kembali ke Indonesia.
Suaminya, Supriyo, kemudian ditangkap. Rumah mereka disita dan isinya dijarah. Anak-anak mereka terpaksa diasuh oleh keluarga dekat.
Supriyo dipenjara selama 12 tahun tanpa melalui proses pengadilan dan baru dibebaskan pada 1978.
Meski Sisca berada di luar negeri, foto-fotonya dipajang di tempat umum dengan narasi "tangkap hidup atau mati Francisca".
Dari Kuba, dia pindah ke China menggunakan paspor sementara yang diberikan oleh Fidel Castro. Sisca tinggal di China selama hampir 20 tahun sebelum akhirnya menetap di Belanda sejak 1985.
Setelah hampir 30 tahun berpisah, Sisca baru pertama kali bertemu putrinya, Maya, di Belanda pada 1993. Namun, keluarganya masih belum bisa tinggal bersama karena Sisca adalah seorang eksil yang diasingkan.
Setelah Reformasi 1998, Presiden keempat Abdurrahman Wahid (Gus Dur) akhirnya mengizinkan Sisca dan rekan-rekannya untuk pulang. Dia kembali ke Indonesia pada 2003 setelah hampir 40 tahun diasingkan.
Meskipun sudah bebas masuk ke Indonesia, Francisca tetap tinggal di kota kecil Zeist, Belanda, hingga meninggal pada 13 November 2013 pada usia 88 tahun.