Setelah Perang Dunia II, Francisca aktif dalam perjuangan kemerdekaan dengan bergabung bersama Pemuda Republik Indonesia (PRI) di Surabaya dan mengikuti Kongres Pemuda Seluruh Indonesia di Yogyakarta pada 10-11 November 1945.
Kongres tersebut melahirkan Pemuda Sosialis Indonesia (Pesindo) dan Badan Kongres Pemuda Indonesia (BKPRI).
Di bawah BKPRI, Francisca dan Yetty Zain menyelenggarakan siaran dalam bahasa Inggris dan Belanda di Radio Gelora Pemuda di Madiun untuk melawan propaganda NICA.
Pada 1945, Francisca menjadi anggota Pesindo dan dua tahun kemudian berperan sebagai delegasi Pesindo dalam konferensi di Eropa, termasuk di Praha, Yugoslavia, Hongaria, dan Kolkata, mempromosikan kemerdekaan Indonesia dan mengadvokasi pengakuan internasional.
Pada 1948 ketika berada di India, Francisca ikut serta dalam konferensi yang digunakan Uni Soviet untuk menyebarkan kebijakan luar negeri ke Asia Tenggara. Setelah konferensi tersebut, terjadi pemberontakan komunis di beberapa negara Asia Tenggara, termasuk Indonesia.