Nama Nyoman Wara sempat jadi perbincangan saat sidang kasus korupsi penerbitan Surat Keterangan Lunas (SKL) Bantuan Likuiditas Bank Indonesia (BLBI) dengan terdakwa mantan Kepala Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN) Syafruddin Arsyad Temenggung.
Nyoman Wara dihadirkan oleh KPK sebagai saksi ahli dalam persidangan Syafruddin Arsyad Temanggung di Pengadilan Tipikor Jakarta pada Agustus 2018. Dia diminta menjelaskan soal audit BPK atas kasus BLBI. Berdasarkan audit investigasi BPK, kasus BLBI merugikan negara Rp4,58 triliun.
Syafruddin Arsyad Temanggung divonis 13 tahun penjara oleh Pengadilan Tipikor Jakarta karena dinyatakan terbukti melakukan korupsi dalam penerbitan SKL BLBI. Hukumannya bertambah jadi 15 tahun oleh Pengadilan Tinggi DKI Jakarta di tingkat banding. Namun, Mahkamah Agung membebaskan dia setelah menjalani 1,7 tahun penjara.
Nyoman Wara ikut digugat oleh Sjamsul Nursalim terkait hasil audit BPK yang menyimpulkan adanya kerugian negara di kasus BLBI. Sjamsul Nursalim merupakan tersangka skandal korupsi BLBI yang masih buron.
Selain kasus SKL BLBI, Nyoman Wara juga berpengalaman dalam memeriksa secara investigatif perkara-perkara korupsi besar lainnya termasuk menghitung tingkat kerugian negara. Di antaranya kasus Bank Century, kasus Wisma Atlet Hambalang, kasus mobile crane PT Pelindo II, kasus dana Yayasan Pengembangan Perbankan Indonesia (YPPI), kasus dana pensiunan Pertamina, dan lainnya.