Setelah lulus dari Akademi Militer, Agus Subiyanto memilih bergabung dengan infanteri dan menjadi perwira pertama di lingkungan korps baret merah yang dikenal sebagai Kopassus. Dia menjalankan tugas penting sebagai Kepala Seksi Operasi Sektor A Grup 3/Pusdikpassus (Pusat Pendidikan Pasukan Khusus).
Selama kariernya di Kopassus, Agus Subiyanto juga memegang jabatan penting sebagai Kepala Penerangan (Kapen) Komando Pasukan Khusus (Kopassus). Dia menjaga informasi dan komunikasi dalam pasukan elite ini.
Agus Subiyanto juga menjabat sebagai Komandan Batalyon 22/Manggala Yudha Grup 2 Kopassus/Sandi Yudha di Kartasura, Jawa Tengah. Peran kepemimpinan ini membutuhkan keterampilan dan komando yang luar biasa, yang kemudian menjadi salah satu asetnya dalam karier militer.
Agus Subiyanto juga telah memberikan kontribusi besar di berbagai daerah teritorial di seluruh Indonesia. Dia telah menjadi Dandim (Komandan Kodim) 0735/Surakarta antara tahun 2009 dan 2011. Peran yang melibatkan manajemen militer di tingkat daerah, dan tugas yang sangat penting dalam menjaga stabilitas di daerah tersebut.
Pada tahun 2011 hingga 2014, Agus Subiyanto memegang jabatan Wakil Asisten Operasi (Waasops) Kepala Staf Divisi Infanteri 2/Komando Cadangan Strategis TNI AD (Kostrad). Peran ini mengharuskannya untuk memahami dan melibatkan diri dalam perencanaan operasi dan strategi di tingkat tinggi dalam Angkatan Darat.