Penghargaan Ilmiah Tri Handoko
- ICTP Simons Regular Associate (2014-2019)
- PII Adhi Dharma Profesi Award (2010)
- Penemuan Baru yang Bermanfaat bagi Negara (2010)
- Anugerah Kekayaan Intelektual Luar Biasa bidang Ilmu Pengetahuan (2009)
- 101 Inovasi Paling Prospektif (2009)
- Satyalancana Wira Karya untuk Sains (2009)
- Achmad Bakrie Award for Science (2008)
- The Recognition Award of the e-Government and Services, Asia Pacific ICT Award (2006)
- Habibie Award for Basic Science (2004)
- The Winner of the Best Research and Development, Asia Pacific ICT Award (2004)
- The Winner of the Best Education dan Training, Asia Pacific ICT Award (2003)
- Peneliti Muda Indonesia X bidang Ilmu Pengetahuan Alam dan Lingkungan (2002)
- Humboldt Fellow
- Monbukagakusho Scholar
- STAID II Scholar
- Overseas Fellowship Programme (OFP) IV Scholar
Penghargaan Administratif
- Satyalancana Karya Satya 20 tahun
- Satyalancana Karya Satya 10 tahun
Demikian profil Tri Handoko yang berjasa banyak dalam bidang akademik.