Namun, kesempatannya untuk menjalankan tugas tersebut secara efektif terbatasi karena pada bulan yang sama, Presiden RI saat itu, Gus Dur, mengalami pemakzulan dari jabatannya.
Selain itu, ia pernah menjadi anggota Dewan Pengarah Unit Kerja Presiden Pembinaan Ideologi Pancasila dan anggota Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia (DPR RI), di mana ia menempati Komisi III dan bahkan menjadi Wakil Ketua Badan Legislatif selama periode 2004-2008.
Sebelum ditunjuk menjadi Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan (Menko Polhukam) di era Presiden Jokowi, Mahfud MD pernah menjabat sebagai Ketua Mahkamah Konstitusi (MK) tahun 2008-2013.
Lalu, dirinya pernah menjadi anggota Dewan Pengarah Unit Kerja Presiden Pembinaan Ideologi Pancasila di tahun 2017 hingga 2018.
Kemudian, pada pemerintahan Presiden Jokowi, Mahfud MD kembali berperan dalam dunia pemerintahan. Ia ditunjuk sebagai Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan (Menko Polhukam) dalam Kabinet Indonesia Maju, menjabat dari tahun 2019 hingga 2024.
Saat ini, karier Mahfud MD mengarah pada panggung yang lebih besar, yaitu sebagai calon wakil presiden dalam pemilihan presiden 2024, mendampingi Ganjar Pranowo.