Prestasi akademiknya tidak berhenti di situ. Mahfud MD juga mendapatkan gelar Profesor Hukum Tata Negara dari Universitas Islam Indonesia di Yogyakarta, memperkuat reputasinya sebagai seorang akademisi dan pemikir hukum yang berpengaruh. Kesuksesan akademiknya membuka jalan menuju posisi-strategis dalam pemerintahan dan politik Indonesia.
Dilansir laman resmi Mahkamah Konstitusi, setelah menekuni pendidikannya Mahfud MD memulai kariernya sebagai staff dan guru besar di Universitas Islam Indonesia (UII).
Selama masa jabatan Abdurrahman Wahid, atau Gus Dur. Pada periode tersebut, ia dipercayakan untuk menjadi Menteri Pertahanan dari 26 Agustus 2000 hingga 14 Agustus 2001. Keputusan Mahfud MD untuk menerima jabatan Menteri Pertahanan sebagai seorang warga sipil telah menarik perhatian.
Namun, perlu diakui bahwa dia berhasil meraih beberapa pencapaian yang patut diakui, seperti penyusunan Undang-Undang (UU) No 3/2002 tentang Pertahanan Negara.
Selama periode yang sama, Mahfud MD juga pernah mengemban jabatan Menteri Kehakiman dan HAM, menggantikan Yusril Ihza Mahendra yang diberhentikan pada tanggal 8 Februari 2001. Ia secara resmi menjabat sebagai Menteri Kehakiman dan HAM pada tanggal 20 Juli 2001.