Dia pertama kali bersekolah di HIS Poesaka, Peureulak pada 1936 dan juga HIS Langsa pada tahun 1938. Jacob kemudian menamatkan pendidikannya pada 1942.
Setelah Jacob melanjutkan pendidikan di Kokumin Gakkö Langsa pada tahun 1942 sampai 1943. Lalu dia melanjutkan sekolah Tygakkö sampai 1945. Selanjutnya dia menempuh pendidikan di Sekolah Menengah Tinggi Kutaraja Banda Aceh mulai tahun 1946 sampai 1949.
Jenjang pendidikan tingginya dia tempuh di Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada Yogyakarta dan mulai dekat dengan Tentara Pelajar Aceh.
Jacob menjadi asisten mahasiswa untuk Anatomi Manusia pada tahun 1953 sampai 1954 selama menjadi mahasiswa fakultas kedokteran, dan dilanjutkan sebagai Asisten Mahasiswa untuk Antropologi dari tahun 1954 sampai 1956.
Dikutip dari buku Rektor-Rektor Universitas Gadjah Mada: Biografi Pendidikan, beliau merupakan lulusan Fakultas Kedokteran (FK) UGM pada 1956 dan kemudian tahun berikutnya melanjutkan pendidikan di Universitas Arizona, lalu Howard University.