TGB M Zainul Majdi adalah putra ketiga dari pasangan HM Djalaluddin, seorang mantan birokrat Pemerintah Daerah Nusa Tenggara Barat, dan Hj. Rauhun Zainuddin Abdul Madjid.
Ibunya adalah putri pertama dari Almagfurullah Maulana Syaikh TGKH M Zainuddin Abdul Madjid, yang sering disebut sebagai Tuan Guru Pancor. TGH M Zainuddin Abdul Madjid adalah pendiri organisasi Islam Nahdlatul Wathan (NW) serta mendirikan Madrasah NWDI, NBDI, dan Pesantren Darunnahdlatain.
Pendidikan awal TGB dimulai dengan menyelesaikan pendidikan dasar di SD Negeri 3 Mataram (kini dikenal sebagai SDN 6 Mataram) pada tahun 1986. Ia menjalani pendidikan menengah pertamanya di Madrasah Tsanawiyah Mu’allimin Nahdlatul Wathan Pancor selama dua tahun sebelum lulus dari Madrasah Aliyah yang sama pada tahun 1991.
Sebelum melanjutkan ke perguruan tinggi, TGB menghabiskan satu tahun untuk menghafal Al-Qur'an di Ma’had Darul Qur’an wal Hadits Nahdlatul Wathan Pancor dari 1991 hingga 1992.
TGB kemudian melanjutkan pendidikan tinggi di Kairo pada tahun 1992 untuk mengejar ilmu di Fakultas Ushuluddin Jurusan Tafsir dan Ilmu-Ilmu Al-Qur'an di Universitas Al-Azhar. Ia berhasil meraih gelar LC (S1) pada tahun 1996. Selama lima tahun berikutnya, ia memperoleh gelar Master of Art (MA) dengan predikat "Jayyid Jiddan."