Menurut Said Aqil, tidak ada istilah 'umat Islam' dalam Alquran. Yang ada adalah 'ummatan wasathon".
”Nabi Muhammad SAW membangun Madinah juga bukan atas dasar agama maupun etnis. Karena itu, sangat berbahaya orang yang membela Islam dengan cara yang salah. Bahkan lebih berbahaya daripada orang yang memusuhi Islam," ujar Said.
Terkait Ahmadiyah, Said menekankan agar ada keterbukaan dari kalangan Ahmadiyah. "Kita bisa salat di masjid Ahmadiyah, begitu juga sebaliknya. Selama ini kita melihat Ahmadiyah masih tertutup. Saya tidak membahas teologi, tapi mari saling mu'asyaroh bil ma'ruf," ucapnya.
Sedangkan merespon isu pemurtadan, pimpinan puncak ormas Islam terbesar dunia ini mengatakan jika orang pindah agama secara individual tidak jadi soal. "Yang bermasalah itu kalau sudah menjadi gerakan, seperti yang pernah terjadi di era Abu Bakar As-Shiddiq," tuturnya.