Operasi Nemangkawi dibentuk dengan pertimbangan adanya gangguan kamtibmas yang dilakukan kelompok teroris Papua, hingga mengganggu kehidupan masyarakat di beberapa wilayah Papua melalui aksi teror bersenjata. Pada 2017, ribuan warga disandera kelompok teroris di Kampung Banti, Distrik Tembagapura, Kabupaten Mimika.
Kemudian 2018, korban dari pekerja PT. Istaka Karya. Puluhan pekerja dibunuh secara sadis di Kabupaten Nduga oleh kelompok teroris Egianus Kogoya. Padahal pekerja ini sedang membangun jalan trans. Papua untuk membuka akses jalan darat.
Berdasarkan catatan Kepolisian di 2019, aksi teror penembakan dilakukan kelompok teroris di sejumlah kabupaten di pegunungan Papua sebanyak 23 kasus, dengan korban meninggal 20 orang, terdiri dari 10 masyarakat sipil, 8 anggota TNI dan 2 anggota Polri.