Bangunan Stasiun Jatake terdiri dari tiga lantai yang terbagi dalam area aktivitas penumpang kereta, zona komersial, dan area kantor PT KAI. Panjang peronnya 250 meter dengan lebar masing-masing peron 6 meter.
Di sisi luar bangunan, terdapat fasilitas gedung parkir untuk mobil, motor, dan sepeda.
Keberadaan Stasiun Jatake juga akan memudahkan akses ke Hiera, kawasan seluas 108 hektare. Diproyeksikan sebagai Heartland of BSD City, kawasan Hiera saat ini berada dalam tahap pembangunan infrastruktur serta pengembangannya menerapkan konsep keberlanjutan lingkungan.