Pada 1900, gedung ini sempat akan dibongkar dan dijadikan pertokoan namun dihalangi oleh Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen (Perhimpunan Batavia untuk Seni dan Ilmu) yang didirikan oleh De Klerk. Setelah itu, gedung dimanfaatkan sebagai kantor departemen pertambangan pemerintah kolonial dan kemudian dijadikan Landsarchief (Arsip Negara) pada 1925.
Gedung ini sempat terancam dibongkar lagi pada 1992, namun demi melindungi sejarahnya, sekelompok pengusaha Belanda di bawah wadah Stichting Cadeau Indonesia (Yayasan Hadiah Indonesia) membantu menyelamatkannya.
Yayasan tersebut membeli gedung tersebut kemudian dijadikan hadiah HUT ke-50 RI. Setelah itu bangunan dipugar dan dijadikan museum.
Gedung Arsip Nasional Sekarang
Sejarah Gedung Arsip Nasional membuat gedung ini semakin menarik untuk dikunjungi, baik untuk mempelajari sejarahnya atau hanya untuk menikmati keindahan arsitekturnya. Tidak hanya berperan sebagai tempat bersejarah, ternyata gedung yang bisa menampung kurang lebih 500 orang ini juga menjadi tempat pernikahan.