Pemerintah menunjukkan pemihakan kepada salah satu parpol peserta pemilu, yakni Golkar. Perolehan suara antara Golkar dan kontestan lainnya sangat timpang. Golkar menempati urutan pertama dengan perolehan suara mencapai 62,82 persen. Di posisi ke-2 ada NU dengan 18,68 persen, PNI sebesar 6,93 persen, dan Parmusi dengan suara sebanyak 5,36 persen.
Pemilu-pemilu selanjutnya di era Presiden Soeharto juga demikian. Partai Golkar selalu menjadi jawara selama Soeharto berkuasa. Hingga akhirnya Soeharto lengser dan Indonesia memasuki masa Reformasi.
Pemilu pertama pada masa reformasi berlangsung pada tahun 1999. Kala itu, pemilu dilakukan untuk memilih anggota DPR, DPD, dan DPRD. Terdapat 48 partai politik yang ikut sebagai peserta pemilu.
Sedangkan untuk posisi kepala negara, Abdurrahman Wahid atau Gus Dur dan Megawati Soekarnoputri diangkat dan ditetapkan oleh MPR RI sebagai Presiden dan Wakil Presiden RI periode 1999-2004.
Namun, baru 20 bulan menjabat, MPR menarik mandat yang diberikan kepada Gus Dur. Usai Gus Dur lengser, MPR melalui sidang istimewanya pada 23 Juli 2001 menetapkan Megawati sebagai Presiden RI, didampingi Hamzah Haz sebagai wakilnya.