Raja Keraton Ngayogyakarta Hadiningrat saat itu, Sri Sultan Hamengku Buwono IX, mengirimkan surat kepada Letnan Jenderal Soedirman guna meminta izin untuk melakukan serangan.
Permintaan Hamengkubuwono IX disetujui oleh Jenderal Soedirman. Jenderal Soedirman meminta Hamengkubuwono IX berkoordinasi dengan Letkol Soeharto yang ketika itu menjabat sebagai Komandan Brigade 10/Wehrkreise III.
Pada 1 Maret 1949, setelah perencanaan yang matang, serangan secara besar-besaran dilakukan di seluruh Yogyakarta dan sekitarnya. Sekitar pukul 06.00 WIB, sirene dibunyikan yang menandakan serangan pun dilancarkan ke segala penjuru Yogyakarta.
Pada penyerangan tersebut, Letkol Soeharto memimpin langsung pasukan dari sektor barat hingga ke batas Malioboro. Sementara, Ventje Sumual memimpin sektor timur. Sektor selatan dan timur dipimpin oleh Mayor Sardjono.
Sektor utara dipimpin oleh Mayor Kusno. Sektor kota dipimpin oleh Letnan Amir Murtono serta Letnan Masduki sebagai pimpinan. Pasukan TNI pun dapat menduduki kota Yogyakarta selama 6 jam.